A antiga aldeia de Sameiro foi doada pelo seu donatário D. Moninho Rodrigues à ordem de São João Baptista de Malta nos fins do século XII.No século XVII, o local bem como a Igreja já não eram respeitados «sem amor a Deus nem reverência do lugar». Por este motivo, o culto foi praticado durante muitos anos na Capela de Santa Eufêmia.
A construção da Igreja de São João Baptista, na Freguesia de Sameiro, deve datar dos princípios do século XVIII, provavelmente do ano 1700. A Igreja possuía apenas um altar para o seu patrono e não tinha sacrário, sendo igualmente desprovida de irmandades e confrarias. A sua primeira ampliação poderá datar do primeiro quartel do século XIX, mantendo ainda hoje as mesmas dimensões.